史克尔(Squall)是巴兰学园(Balamb Garden)的学生，由于一场与塞法(Seifer)的决斗，使得他受了伤被送到医务室。在史克尔清醒之后，角协大夫拨了电话通知史克尔的教官昆斯蒂(Quistis)来接他。因此昆斯蒂就带着史克尔离开了医务室。就这样，两个人来到了教室。
来到教室后开始本日的课程。学园即将要在今天下午开始进行席德(SeeD)部队候补者的测验，准备要参加这个测验的人在下午四点集合。昆斯蒂要史克尔回到座位上参考学习面板上的相关知识，然后再来到学园前门，她将会在那里等着史克尔的到来。史克尔回到自己的座位上，打开了位于桌面上的学习面板获得最初的两只守护兽雷兽昆萨科特(Quezacotl)以及冰神湿婆(Shiva)。就这样史克尔完成了在教室内的一切准备，可以离开此地了。
离开教室来到外面的走廊，在转角的地方会被一位慌张的女孩撞上。这个女孩是由其他的学园转来的新学生，由于想要赶着参加解说，因此才会慌慌张张的撞上史克尔。女孩要求史克尔带她到学园四处逛逛，并且为她解说学园内所拥有的各项设施。带着女孩来到一楼大厅的指示牌前，史克尔就开始介绍整个学园的各项设施。在女孩离开之后，史克尔可以立刻前往学园的前门去找教官昆斯蒂。
和昆斯蒂来到火焰洞窟之后，就会看到两位守卫站在火焰洞窟的入口处。在这里守卫会问史克尔是否已经准备好要获得的一只低等级的守护兽，这项考验必需要有一位席德组织的成员来协助。由于史克尔有昆斯蒂的陪同，因此自然可以参加这项考验。接下来守卫会要史克尔决定考验所要使用的时间，在选择了时间之后就可以进入火焰洞窟了。
火焰洞窟是一条单纯的通道，在里面会出现一些挡路的敌人。在火焰洞窟的最深处就会遇到这项考验的目标～炎魔伊芙利特(Ifrit)，史克尔进入这个火焰洞窟的目标就是打倒它以获得新的守护兽。炎魔伊芙利特并不是很强的敌人，只要打倒它就可以获得炎魔伊芙利特的卡片以及这只守护兽。
离开火焰洞窟后返回巴兰学园，昆斯蒂叫他回到房间换衣服，然后再来到一楼的大厅集合，准备参加席德部队的测验。史克尔来到宿舍，将自己的便服换下穿上学园的制服，然后回到学园一楼大厅的集合地点，就会看到昆斯蒂已经在那里等着了。在昆斯蒂的指示下，史克尔和塞尔‧汀奇(Zell Dincht)编成一队。这个时候学园长席德(Cid)出现在众人的面前，等到席德的话说完了，史克尔等人就可以离开巴兰学园了。
从停车场搭乘着交通工具前往巴兰(Balamb)，来到巴兰之后交通工具会停放在港口边，只要进入港口停靠的登陆艇就可以开始进行加入席德部队的测验了。在登陆艇成功的停靠到海滩上后，史克尔以及塞尔就在塞法的指挥下前往多尔的中央广场。在路上会遇到四队的加尔巴迪亚士兵，不过只要史克尔等三人协力的话，一定可以打倒这些敌人。在打倒全部的四队加尔巴迪亚部队后，听到远处传来了声音，看到山上有一座巨大的塔，于是样三个人朝着敌人行进的方向而去。
来到山顶上，就会看到几名加尔巴迪亚的士兵在塔前交谈着。争执之后，塞法一个人先走了开，此时史克尔的身后传来女孩子的声音。回头一看原来是之前曾在巴兰学园中撞到的那个女孩。为了要将命令传达给史克尔所在的小队，要找到队长塞法。回头一看塞法已经一个人跑进了通讯塔，为了要追上他，赛菲也跳下了山壁，追着塞法的方向而去，于是史克尔和塞尔也只好跟了上去。
为了要追上塞法，赛菲也暂时加入了史克尔与塞尔的行列。于是一行人也进入了通讯塔，乘坐电梯来到了通讯塔顶。在通讯塔顶，威吉(Wedge)和比格斯(Biggs)正在修理通讯塔，这个时候史克尔三人出现在通讯塔顶，此时威吉和比格斯也正好开启了通讯塔上的机件。就在史克尔的喊叫中，比格斯发现自己被史克尔等人包围了。正当他打算溜走的时候，塞法出现在电梯上，挡住了他的去路。于是比格斯不得不放弃逃走的想法，转身攻击史克尔等人。
比格斯并不是很强的敌人，不过在与他战斗的过程中威吉也会出现在战场上，这两个都不是很强的敌人。不过在战斗进行中，突然间看到比格斯和威吉被龙卷风吹到不知名的地方去了。史克尔抬头一看，发现有一只怪物出现在众人的头上，这只名叫艾尔佛雷(Elvoret)的怪物才是真正的敌人。在打倒敌人之后，赛菲向塞法传达了命令。在晚上七点以前，所有的席德部队成员以及见习生，都要进行撤退的行动。眼看距离撤退的时间只有三十分钟，塞法立刻就离开了此地，而史克尔也带着塞尔及赛菲离开通讯塔。
就在史克尔等人要离开通讯塔的同时，一架巨大的机械兵器出现在史克尔等人的面前。这个名为X-ATM092的敌人，是一台巨大的四脚机械。这个敌人除了拥有强大的攻击力外，还会不断的恢复生命。想要冒险将它打倒可以说是不可能的任务，因此将它攻击到瘫在地上的时候，就赶快逃离战场。就在这样一路追杀的状况下，史克尔等人要和它战斗数次之后终于逃到的海滩。
乘坐着登陆艇回到巴兰，顺利的完成了这次的任务。才离开港口，就看到众人乘坐来到此地的交通工具已经被塞法开走了。既然交通工具已经没有了，那么就只有自己找方法回到巴兰学园了。好在此地与巴兰学园的距离并不远，就算是走路也可以轻松的到达。
返回巴兰学园后，塞尔和赛菲就和史克尔分手，各自回到自己的房间去。史克尔来到学园一楼的大厅，在那里会看到昆斯蒂以及席德学园长正在听关于任务的结果报告。由于席德部队的努力，现在加尔巴迪亚已经同意撤军了。和昆斯蒂交谈后，昆斯蒂表示测验的结果很快就会公布，沿着一楼的走道会遇到塞法，塞法表示若不是撤退命令，成为英雄的一定是他。此时席德出现在众人身旁，他叫昆斯蒂去处理自己的事，然后叮咛塞法要记得遵守命令。席德的训话被人打断了，他要回到自己的办公室去处理事情。
走到大厅附近的时候，扩音器传来的学园的广拨。广拨中叫所有的学生前往二楼集合。于是史克尔来到二楼的走廊，在那里已经有许多的学生在等着。就在学园的学园的职员出现之后，塞尔和史克尔在职员的带领下来到席德的办公室，办公室中站着四名通过测验的学生。在席德宣布解散之后，史克尔再去和席德交谈，他会交给史克尔一具战斗测量仪表(Battle Meter)，可以用它来测量战斗的表现。获得这件道具后，就可以离开此地乘坐电梯回到教室。在教室前的通道上，会遇到其他的学生，他们将会会成为席德成员的史克尔等人鼓掌庆祝。
然后返回宿舍，更换礼服准备参加宴会。来到了宴会的场地。对于不喜欢与人沟通的史克尔来说，这样的场合一向是他最不喜欢的。但是就在这天晚上，他遇到了一位神秘的女孩，这个女孩不顾史克尔的拒绝，强拉史克尔和她一起跳舞。女孩的神情打动了史克尔的心，不过在短暂的舞蹈后女孩离开了史克尔，只留下史克尔一个人站在阳台回想刚才的一切。
就在史克尔还在回想刚才发生的一切时，昆斯蒂出现在史克尔的身旁，她表示自己有一个任务要交给史克尔，不知道史克尔有没有兴趣。昆斯蒂告诉史克尔自己打算去一个神秘的地点，希望史克尔能够和她一起过去。这个地点位于训练中心的内部，如果史克尔愿意的话，她将会在训练中心的入口处等后。由于昆斯蒂一直表示这是她对史克尔所下的最后一个命令，因此史克尔也不好拒绝。
史克尔回到宿舍换下了礼服后，就来到训练中心的入口处，在昆斯蒂的带领下，史克尔和她来到了这个所谓的神秘地点。在这里，昆斯蒂表示她即将不再是一位教官了。由于史克尔已经是席德的成员，而她也是席德的一员，因此说不定能够一起工作。对于昆斯蒂一连串的抱怨，史克尔实在没有兴趣听，这样的举动使得昆斯蒂相当的生气。于是史克尔离开了这个所谓的神秘地点，离开了想要对他表示心意的昆斯蒂。眼看史克尔根本没有意愿听这些事，昆斯蒂也放弃了这些想法。
两个人沿着路准备离开训练中心，在快要走出训练中心的时候听到外面传来求救的声音，于是立刻出来看看。在训练中心的门外，有一位女性正被巨大的怪物所攻击，为了解救她史克尔与昆斯蒂自然要挺身挡住这怪物。打倒这些敌人后，救了这位神秘的女性。于是史克尔回到自己的房间，想要休息一下来整理这所发生的一切。
一觉醒来房外就传来赛菲的声音，史克尔成为席德成员的第一个正式的任务终于来了。这个新的任务要让史克尔前往一个新的地点～廷巴(Timber)，因此赛菲要史克尔准备好之后就到前门集合。在巴兰学园的前门，席德正和赛菲等着史克尔的到来。在这个新的任务中要史克尔等人前往廷巴，在那里的反抗组织正等着席德的协助。史克尔等人只要到达廷巴的车站，自然就会有反抗组织的成员来连络。当对方询问暗语的时候，只要正确的回答相关的暗语就可以确认双方的身份，之后就照对方的指示行动。
这一次的任务，就是由史克尔、塞尔、以及赛菲三人所组成，队长则是由史克尔担任。席德特别叮咛史克尔要活用自己的判断能力，这才是完成任务唯一且正确的途径。在离开学园前再次和席德交谈，他会将一个魔法油灯(Magical Lamp)交给史克尔。这是一个受到诅咒的道具，只要使用它就可以召唤出其中的破坏神迪伯罗(Diablos)，打倒它后就可以获得新的守护兽。
要前往廷巴就要从巴兰搭乘列车前往，因此来到巴兰的车站，付钱买了前往廷巴的车票后，就可以搭上列车前往执行任务的地点。搭上列车之后，三人在列车内四处看了一下，就来专属于席德组织的车箱休息。在列车进行中，塞尔会发挥他的知识为史克尔介绍有关廷巴的一切，等到塞尔介绍完毕，赛菲也回到了车箱内，此时史克尔的脑中传来奇怪的声音，使得他突然的昏倒在地上‧‧‧
在廷巴附近的森林里，兰格纳(Laguna)、基洛斯(Kiros)以及沃德(Ward)正在森林里行动着。这出现在史克尔梦中的人物，到底是真实还是梦呢？这三个人沿路打到出现的敌人，来到森林的深处搭乘一部停放在该处的车辆，然后开着这辆车进入了一个都市。
这巨大的都市就是迪林市。这三个人来到了城里的旅店，在旅店的地下室遇到了一位年轻漂亮的女钢琴师，她的名字叫做朱莉亚(Julia)。由于兰格纳受到朱莉亚的吸引，因此在旅店职员的指引下来到了朱莉亚所在的房间，就在兰格纳和朱莉亚交谈的过程中史克尔渐渐的恢复了神智。
刚才看到的那一切是什么，史克尔没有时间多想，因为列车上的广拨告诉他们已经到廷巴了。随着列车到达廷巴，史克尔等人即刻离开了列车来到执行任务的地点。才一下车，就有人询问暗语。只要正确的回答暗语，对方就会表示他正在等着史克尔等人，请三人跟着他走。就在这个人的带领下，进入了反抗组织的列车中。史克尔来到列车最后面的房间，却发现这就是在那天的宴会上和他跳舞的那个女孩。女孩在知道了史克尔正是席德的成员，高兴的一把抱住了史克尔。原来这个名叫莉诺亚的女孩到宴会是要找席德学园长，想要请他派出席德部队的成员来协助她们。
于是史克尔和莉诺亚一起回到塞尔和赛菲在等待的地方，在莉诺亚的带领下来到了列车上的会议室。在这里，反抗组织的成员解释了整个任务的过程。为了廷巴的独立，他们打算要绑架迪林大统领。开始的时候要先从我方的列车跳到迪林大统领所在的列车上。在这个阶段史克尔要解开第一节护卫列车，塞尔和赛菲分别监视两名士兵的行动，让史克尔可以爬下列车输入解除连结的密码。当士兵靠近史克尔的位置时，塞尔及赛菲会警告史克尔，此时史克尔最好赶快爬上车箱顶。等到三次密码都输入之后，大统领所在的车箱就会和第一节护卫车箱分开，让反抗组织的列车可以插入。
接着要解开第二节护卫车箱，和前面的方法一样，史克尔需要输入解除连结的密码，只不过这一次要输入五个密码才可以。由于塞尔及赛菲在这次的输入过程中不能帮忙，因此史克尔自己要看着士兵的行动。在完成五次密码的输入之后，成功的将迪林大统领所在的列车劫走。劫走迪林大统领的车箱后，就可以进入他所在车箱来与他交谈。原本想要藉由和大统领的沟统，但是却在此时发现这个大统领居然是假冒的。这个假冒的大统领一面说话，就开始向史克尔等人发动攻击。攻击大统领之后终于使他现出了真正的面目。原来这个迪林大统领是怪物变身的，真正的大统领早就不知道怎么样了。
打倒假冒的大统领之后，大家对于花了这么多心血结果却只抓到假冒的目标有些灰心。此时反抗组织又得到了新的情报，原来真正的迪林大统领前去参加电视站的转播，所以出现在这里的才会是假的。在列车快要到达廷巴后和华兹交谈，就可以回到廷巴了。在廷巴到处都是加尔巴迪亚士兵。由于这个原因，使得史克尔等人在廷巴无法进入旅店进行休息。就算是在街上走，也会遇到巡逻的加尔巴迪亚士兵而展开战斗。
沿着酒吧后方的道路就可以来到电视站，此时电视上出现了画面，迪林大统领出现了。大统领表示为了要寻求各国的和平，他将派出大使前往各地。此时塞法出现在转播的现场，引发了一阵的骚动。史克尔等人也来到电视站，看到了塞法正挟持着迪林大统领。就在塞法架着大统领来到后方的房间时，魔女出现在塞法的身旁，就在魔女的诱导下，塞法和魔女消失在这个房间中。
离开电视站之后，在莉诺亚的带领下一行人来到廷巴狂热杂志社旁的房子，这里是反抗组织新的据点。于是一行人准备离开廷巴，照昆斯蒂所说的搭乘列车经过学园东站前往加尔巴迪亚学园(Galbadia Garden)。从宋的手中取得列车的车票之后，一行人搭上了前往学园东站的列车。列车终于到站了，在车站的前方就是昆斯蒂所说的那个森林。不过就在走进森林的同时，之前曾经发生过的状况又再次出现了，史克尔又再次昏倒在地上。
在这里兰格纳、基洛斯以及沃德三个人潜入了这个地点，遇到艾斯塔的士兵。先打倒出现的艾斯塔兵之后向前走，将此地的魔法都抽取。然后爬下梯子。在下方的洞窟里会看到地上有具引爆开关，依序将红、蓝的按钮按下，就可以将此地的两块巨石炸开。然后继续前进就会来到洞窟的出口处。在那里，兰格纳等人被艾斯塔的士兵包围了。虽然兰格纳很厉害，但是不断出现的敌人使得他们无法应付下去，最后受伤的三人只好跳下山壁。
到了这里史克尔等人突然的清醒过来，大家对于在梦中兰格纳所发生的事都非常的关心。虽然没有人知道这一场梦是怎么一回事，但是目前所要做的事就是前往加尔巴迪亚学园。因此一行人穿过森林，来到加尔巴迪亚学园。
进入加尔巴迪亚学园之后，昆斯蒂先去找人解释目前的状况，因此一行人来到二楼的候客室等消息。在这里等了一阵子，昆斯蒂终于回来了。她表示对方已经明白目前的状况，巴兰学园没有任何的危险。如此一来，因为塞法的行动所导致的危机已经解除了。在这里，莉诺亚透露的自己对塞法的心意，没有想到这样的举动却刺伤的史克尔的心。史克尔跑出候客室，在学园里遇到了风神与雷神。原来风神与雷神是受到席德学园长的命令，前来此地传达新的命令。
此时学园内的广拨再次响起，传来了要史克尔等人到学园的入口处集合。史克尔来到此地，就看到昆斯蒂正在等着他。在昆斯蒂的带领下，史克尔等人在加尔巴迪亚学园的入口处接受了新的命令。在这个新的命令里，要史克尔等人前去暗杀加尔巴迪亚的大使，也就是曾经出现在电视站的那个魔女。由于史克尔等人之中并没有人懂得射击的能力，因此在这里艾文(Irvine)加入了史克尔等人的队伍。
迪林市
离开加尔巴迪亚学园之后，立刻乘坐列车来到迪林市。在这里要先到卡威公馆(Caraway's Mansion)去，不过等到史克尔等人来到此地之后，门口的守卫表示想要进入这里必需要通过考验，而这个考验就是到东北角的无名王之墓(Tomb of the Unknown King)，找到一个没有回来的学生的编号。
无名王之墓
一行人来到迪林市东北角的无名王之墓，进入这里就会发现地上有一把剑，抄下剑上的三个数字，这就是进入卡威公馆所需要的号码。记得守卫曾经说过在这里有一只守护兽，于是先来到最东侧的房间，在这里的台子上会看到一只敌人，先将它打倒；然后来到最北侧的房间，调查右侧的墙壁使水门打开让水流进来；然后到最西侧的房间，拿上墙上的齿轮让机关启动；最后来到中间的房间，由于机关已经将桥放下来了，就可以在这里与此地的守护兽大地仁义兄弟(Brothers)进行战斗。打倒大地仁义兄弟之后，就可以获得这新的守护兽以及它们的卡片。
迪林市
回到迪林市的卡威公馆，将在无名王之墓看到的三个数字输入，就可以顺利的进入卡威公馆。等到卡威将军终于出现在这个房间的门口，他开始解说本次任务的执行细节。在这个任务里，史克尔以及他的同伴们将分为两个小队，一个是凯旋门小队，将要进入凯旋门里等待任务的执行；另一个则是狙击小队，将在总统的住所正前方等待狙击的目标出现。
要开始执行任务了，史克尔将所有的同伴编成两个小队。狙击小队就由史克尔和艾文所组成；至于凯旋门小队则是由塞尔、赛菲、以及昆斯蒂组成。在卡威将军将史克尔以及艾文带到行动地点的时候，莉诺亚突然出现在房间的门口。原来她好不容易才逃了出来，就急着询问史克尔的下落。对于莉诺亚所说的话，昆斯蒂有些不以为然，于是她说了几句重话，就不再理会莉诺亚的离开了房间。
众人在卡威将军的带领之下，来到了准备执行任务的地点。首先是凯旋门小队被带到了凯旋门下，进入了此地的通道。然后狙击小队来到卡威之前指示的地点，在这里等待执行任务的时间。在凯旋门里等待的昆斯蒂，想想自己刚才对莉诺亚的态度有些不佳，因此决定在执行任务的时间之前回到卡威公馆想向她道歉。于是三人回到卡威公馆，想找到莉诺亚再来谈谈。结果三人却被卡威原本想用来关莉诺亚的机关给锁住了，若是不赶快找出办法离开这里，执行任务的时间就要到了。
另外在莉诺亚这一边，她逃出了卡威公馆后来到了魔女所在的地点。利用堆在此地的各种东西，可以一步步的爬向魔女的住处。就这样，莉诺亚来到了魔女的房间，见到这个神秘的魔女伊迪亚(Edea)。原本莉诺亚想要接近魔女将奥迪因手镯套到魔女的手上，但是却被神秘的力场弹了开来。只看到魔女站起来穿过门，出现在庆祝仪式的人民面前。
此时在广场上的史克尔和艾文正高兴看到魔女的出现，即将要准备开始执行任务的同时，却发现到莉诺亚居然就站在魔女的身后。就在众人的面前，伊迪亚显露出她魔女的真面目，她将迪林大统领当作此次祭典的献礼，当众杀死了他。眼看状况不对的史克尔和艾文，于是决定开始行动。
被困在卡威公馆的昆斯蒂等人看到仪式已经要开始了，更是急得不得了。首先到房间左侧的餐具柜中拿一个杯子，然后将杯子放在石像的位置，就可以打开一扇秘门，然后从这扇秘门就可以来到地下水路。随着昆斯蒂等人的行动，庆祝仪式的游行也开始了，于是史克尔和艾文终于在这个时候可以潜入进行狙击的地点。然后沿着莉诺亚前往魔女房间的路，史克尔和也来到了这个房间，但是出现在他们面前的，却是受到控制的莉诺亚以及魔女所唤出的怪物。这两只怪物一看到史克尔的出现就扑了上来，于是史克尔与艾文和它们展开了战斗。
打倒敌人之后，终于救出了莉诺亚。在受到这一连串打击的莉诺亚变得非常的胆小，希望史克尔不要离开她。然后再回到刚才进来的走道处，打开地上的暗门来到狙击小队的待机地点。拿起放在此地的枪交给艾文，就算是完成了狙击前的一切。至于昆斯蒂这一边，为了要回到凯旋门，必须要绕过地下水路才能够回到这个地点。接下来就是等待时机了，等到游行的队伍来到凯旋门的下方，就由凯旋门小队开启机关将门关上，然后狙击小队准备射击。此时艾文却出现了状况，他不敢开枪射击。就在这么犹豫的状况下，错失了狙击魔女的时机。为了要达成这个任务，于是史克尔只好自己出面来挑战魔女，出现在史克尔面前的，则是据说已经被处死的塞法。
等到塞法体力不支的时候，魔女就会自己出面了，而莉诺亚以及艾文也会在此时出现来协助史克尔。当魔女眼看就要被打败的时候，在她的身上出现了奇怪的光芒，同时由魔法所聚成的物质也在同时射向史克尔。就在莉诺亚的惨叫声中，史克尔中了魔女的攻击跌下了战斗的平台。
威希尔
故事来到兰格纳这一边。一个小女孩出现在兰格纳的身后，表示有人来找他。在兰格纳和这个名叫艾尔欧妮(Ellone)的小女孩说完话之后，她就一溜烟的消失在兰格纳的眼前。兰格纳来到房子外，发现此地出现了许多加尔巴迪亚的士兵。接着进入左方的屋子里，在这里有一位名叫蕾茵(Raine)的女子。
在那里兰格纳与基洛斯再次的见面了，这是两位好友自从一年前逃离圣特拉挖掘现场之后再次的见面。由于当时所受的伤，让兰格纳在床上整整休息了六个月才恢复了健康。在交谈中，基洛斯提到自己和沃德都已经辞去了军队的工作，因为那样的工作并不是他们所要的。而兰格纳所暗恋的朱莉亚，则是嫁给了一个名叫卡威的将军。在交谈结束后，到村子的四处逛逛，等到完成巡逻的任务后，就可以回到蕾茵的酒吧报告后结束这一天。
沙漠收容所
史克尔等人清醒后，发现自己身在一个奇怪的地方。大家看看四周，发现史克尔以及艾文不见了。在一番思考后，发现众人可能是在沙漠收容所，由于众人在暗杀魔女的行动中失败，加上目前加尔巴迪亚已经被魔女所控制，因此众人在被抓之后送到这里来是再正确不过了。另一方面，史克尔清醒之后发现自己在一个小房间中，对于自己为什么会在这里也是搞不清楚。塞尔这一边，收容所的守卫出现在塞尔等人的面前，他们在塞尔的面前押走了莉诺亚。
小房间停止了震动，出现在史克尔面前的正是塞法。他将史克尔押到拷问室，并且开始刑求。由于塞法想要得知席德组织的秘密，因此他想要藉由拷问史克尔这个正式的席德成员以获得答案。再回到塞尔这一边，在赛菲的治疗下使他暂时恢复了体力，此时一只奇怪的生物出现在他们的面前。就在守卫开始欺负这只生物的同时，塞尔终于忍不住了，他赶走了守卫救了这只生物。
回到被刑求的史克尔这一边，塞法还是不断的逼问有关席德组织的一切。此时塞法的手前来报告，瞄准学园的飞弹已经准备好了。由于塞法将史克尔等人前来暗杀魔女的责任全都怪到学园的身上，因此负责训练席德组织的巴兰学园将要成为飞弹攻击的目标。然后塞法的手下会继续进行刑求，想从史克尔的口中获得相关的情报。
再回到塞尔这一边，昆斯蒂表示想要离开这里就要想办法取回她们的武器。于是昆斯蒂和赛菲装死引诱守卫靠近，再由塞尔打昏了守卫，就这样塞尔得到了离开牢房的机会。离开房间后登上楼梯，就会看到看守着众人武器的士兵。塞尔打倒了些这士兵，将武器带回牢房。就在取回了武器之后，出现在众人面前的守卫看起来有点面熟。原来这两人就是曾经在通讯塔上被史克尔等人打败的比格斯和威吉，于是又进入了战斗。打倒比格斯和威吉之后，收容所的警报响起了。塞尔等人离开牢房一路来到十三楼，靠奇怪的生物将门打破之后，就可以在拷问室中找到史克尔。
一行人利用收容所的机械臂，顺利的来到地下。在走道的尽头，会发现走道中已经都是砂了，此时不知道何处传来了枪声。由于担心塞尔出了意外，史克尔等人回头过去看看，就在塞尔差一点要被守卫打倒的时候，史克尔出现救了他一命。此时一批敌人持枪向史克尔等人扫射，使得史克尔等人无法行动，艾文和莉诺亚的出现解决了这一切。
为了要离开这个沙漠收容所，一行人要在这里分成两队行动。由史克尔所带领的一队要继续向上前进；而由艾文带领的一队，则是向下前进。史克尔通过十三楼一路来到顶楼，在那里眼看就要逃离收容所的同时，敌人出现在史克尔等人的面前。打倒敌人之后，从扩音器里传来了艾文的声音，艾文要求史克尔开动机械臂，如此一来就可以准备逃离此地。不过就在史克尔踏上逃离收容所的道路时，整个收容所开始陷到地底下，就在千钧一发的时候史克尔抓住了通道的边缘，小心的移动到安全的地点就逃过了这个危机。
躲过了沙漠收容所的危机之后，一行人终于逃出了此地，于是一行人搭着在收容所找到的交通工具离开了这里。离开了收容所之后，一行人开始讨论之后的行动内容。从之前塞法的话中，得知了魔女打算要用飞弹来攻击学园。由于攻击的目标有巴兰学园以及特拉比亚学园(Trabia Garden)，由于赛菲是由特拉比亚学园转来的学生，因此她希望能够赶回去拯救其他的学生。为了要通知巴兰学园，因此队伍在这里分成了两队。一队要前往加尔巴迪亚飞弹基地阻止飞弹的攻击；另一队则是要返回巴兰学园警告这件事情的发生。
来到沙漠车站后，史克尔等人为了要赶回巴兰学园发出警告，因此不得不抢夺此地的列车。就在加尔巴迪亚士兵的喊叫声中，史克尔等人开动的列车，赶往巴兰学园而去。
加尔巴迪亚飞弹基地
赛菲为了要报特拉比亚学园的仇，带领着第二个小队开着从沙漠收容所取得的车辆，来到了飞弹基地。走进飞弹基地之后会看到两扇门，调查两扇门中央的位置，就会发现此地好像需要有ID卡(ID Card)才可以打开门。此时艾文表示他在车上找到一张卡，不知道是否能够使用。没有想到这张卡果然可以使用，成功的打开了这两扇门。走进这扇门后会发现有士兵，可以自己决定要如何应对，然后就可以继续前进。
一路向前走来到有两名士兵的地方，在这里可以看到飞弹基地的操作面板。不过在赛菲等人碰了面板之后，就会被一旁的士兵制止。于是从楼梯左方走进去，会遇到有士兵要求赛菲等人帮他们传达命令。然后来到飞弹发射装置室中，将刚才的士兵所托的话转告他，然后再将他的回答传达回去。这样来回的将双方的话说清楚之后，就可以把原本守在变电室门口的士兵骗开，就可以进入变电室中。在变电室中经过一番操作后，终于将飞弹基地的电力暂停了，此时在赛菲等人的面前出现了前来调查的士兵。
在这里可以选择与这些士兵战斗或是想办法混过去，如果选择战斗的话，那么之后就会继续的遇到敌人。由于选择战斗会让赛菲等人从此卸下加尔巴迪亚士兵的服装，因此之后就没有办法避开敌人。但若是选择用讲话混过去的话，就可以继续在基地内活动。如果说选择打倒出现的士兵的话，那么一行人的真面目已经被发现了，就不需要在这里多花时间。直接来到原本有士兵挡住路的管制室，打倒管制室中的这一群士兵，然后开始操作此地的仪表，启动基地的自爆装置，选择自爆的时间要发生在多久之后，然后就准备逃离此地。
不过就在快要来到门口的时候，赛菲突然想起应该要改变飞弹的目标，以免在这时候飞弹还是发射了那就不妙。因此一行人再回到基地内部，从坐在地上的士兵身上取得ID卡，然后开启射控电脑输入密码，由于飞弹目标(Set Target)无法改变，因此将飞弹的目标误差值(Set Error Ratio)设到最大，再将这资料输入(Data Upload)后，就改变了飞弹的命中率，然后就可以赶快离开了。
就在赛菲等人要逃离飞弹基地的同时，飞弹突然的就发射了。由于之前已经改变了飞弹的命中率，如此一来应该可以拯救了不少人。此时一只巨大的机械生物出现在她们的面前，这机械生物正是加尔巴迪亚士兵为了要报赛菲等人破坏基地所启动的兵器，打倒这敌人后，可以获得武器月刊六月号(Weapons Mon Jun)。此时赛菲等人却发现自己好像被关在基地内了，怎么找到找不到离开的方法。此时飞弹基地发生了爆炸，赛菲等人的安危暂时不得而知。
巴兰学园
回到巴兰学园的史克尔等人，在他们面前的则是陷入混乱的学园，一大堆的学生在职员的指挥下找着席德学园长的下落，再进入学园的一楼大厅就会看到风神与雷神，他们说出了整个学园正因为席德学园长与诺格理事长的纷争而被分为两派。在听到史克尔表示他们回来是为了报告此地可能会受到飞弹的攻击后，风神和雷神立刻离开了此地。
看样子现在要赶快找到席德学园长才可以解决这一切，因此史克尔在学园里到处收集消息，还不断的被卷入两派间的纷争而参与了几场战斗。在得知学园长派的人是由修(Xu)来负责指挥了之后，终于在二楼找到了她，如此就可以在她的带领下见到席德学园长。向席德学园长报告一切后，他会将一把钥匙交给史克尔，表示这可以让史克尔进入学园的MD层。由于学园是由避难所所改建的，在那里似乎有着可以启动学园的系统。只要能够启动学园的系统，那么将可以始学园离开这个地点，也就可以避开飞弹的攻击了。
进入电梯的史克尔等人，在电梯停止之后调查地板，就会发现进入MD层的通道。在MD层找到一个巨大的转盘，将它转动后就可以开启通往地下的盖子。于是再继续向下走，来到一个死路。在那里史克尔爬上梯子，藉由梯子倒向控制室可以打开通路。然后史克尔再由原本的楼梯爬回去，就可以和同伴一起再向下前进。扳动储存点附近的开关，就可以打开前方的大门，此时就会有敌人出现。打倒敌人后再继续向前进，就可以启动巴兰学园，如此一来就可以避开飞弹的攻击。
在学园启动之后，史克尔等人可以到学园四处看看，在二楼的阳台上可以看到整个学园正飞在空中。不过才离开阳台，就接到席德学园长要史克尔等人立刻回到三楼的消息。于是史克尔等人回到三楼的控制台，席德表示学园的控制失灵，无法控制它的行动方向，眼看着就要撞上巴兰了。就在史克尔的控制下，学园暂时避开了巴兰。
解决这件事之后，史克尔休息了一会。不过莉诺亚却不愿意让史克尔休息，拉着史克尔要他来介绍学园的一切。一路来到一楼的大厅，学园的职员前来表示理事长要在他的房间会见史克尔。于是史克尔乘坐电梯来到学园的地下一楼，在那里听到席得学园长正和理事长有着争执。就在席德气得离开了之后，史克尔等人在职员的带领下来到理事长诺格的办公室。原来要暗杀魔女的任务正是诺格理事长所下的，就这样史克尔等人和已经变成敌人的诺格理事长展开了战斗。
打倒诺格之后，回到医务室中到席德学园长谈话，结束这一段谈话后，史克尔就来到学园一楼的大厅，在那里听到修在叫着史克尔，原来修正有事要找席德学园长。看修的神情，好像发生了什么重大的事，因此史克尔忍不住了问了一下到底发生了什么事。修并不回答史克尔的问题，只是叫史克尔自己到二楼的阳台去看一下就会知道了。就在二楼的阳台，史克尔看到了一艘船靠在学园的旁边，船上的人正问着席德的下落。
这艘船是席德组织的船，这些人则是隶属于魔女伊迪亚的席德组织。就在这些人的谈话声中，席德出现在史克尔的面前。原来这些人是来这里找艾尔欧妮，因为此地已经变得太危险了，因此席德学园长要史克尔去找她。史克尔找遍了整个学园，最后终于在图书馆里找到了艾尔欧妮。
躺在自己的房间中，史克尔不断回想着艾尔欧妮所说的一切，就在这样的状况中他进入了梦中。在梦中，年幼的史克尔不断的寻找着姐姐的下落。不过史克尔的梦很快的就被莉诺亚给打断了，她唤醒了史克尔，让他暂时的不要再去想这些烦人的事情，就这样两人离开了史克尔的房间。
才走出史克尔的房间，就听到来自席德学园长的广播，此时从广播中传来席德惊讶的叫声，原来学园由于驾驶不慎，撞进了渔人地平线这个地点。就在席德的传唤下，史克尔来到席德的办公室，接受了新的任务。席德要史克尔找到此地的负责人，向他表示发生这样的事全是意外，并且观察对方的反应。
史克尔离开了学园，进入渔人地平线。首先找到多比市长(Mayor Dobe)，从他的口中会得知关于此地不喜欢暴力的一些说明。就在史克尔打算要离开的时候，有人大叫着加尔巴迪亚的名字跑了开了。史克尔想要看看发生了什么事，却被市长的妻子给叫住了。
她认为加尔巴迪亚的士兵会来到这里都是因为史克尔等人的关系，因此史克尔等人必须要为这件事情负责。于是史克尔跟着多比市长来到废弃的车站，就在加尔巴迪亚的士兵准备要放火烧了此地的时候，史克尔等人出面击退了这些加尔巴迪亚的士兵。这些被击退的士兵叫来了巨大的机械兵器，让史克尔面对第二次的挑战。
打倒了这个机械兵器之后，从里面爬出了赛菲等三人。原来当初在飞弹基地快要爆炸的时候，赛菲等人眼看情况不对，因此靠这机械兵器暂时躲过了一劫。赛菲相关关心学园是否平安，因此就先让众人回到学园去，自己一个人留在此地继续调查。
在和莉诺亚交谈之后，史克尔转身返回学园，在回到学园的路上，会看到艾文正在等着史克尔。原来艾文是认为此地的人都有不错的技术，如果愿意的话有他们的帮忙应该可以修好学园。不过这并不是史克尔现在应该烦恼的事，还是先返回学园吧。接着艾文又说了，赛菲看起来好像有点沮丧，因此希望史克尔能够找个时间和她谈谈。
为了安抚赛菲，于是回到学园的广场找到她，在那里看到了相当失望了赛菲。原来赛菲期待好久的学园祭由于这一次的意外，使得整个舞台都全毁了。由于赛菲一直想看到整个乐团在舞台上表演，因此史克尔安慰赛菲说可以找渔人地平线的居民来协助修复此地。于是就让艾文留在这里协助赛菲，史克尔还有事继续去处理。
史克尔来到席德学园长的办公室，向他报告这里所发生的一切。看样子为了要找到艾尔欧妮，加尔巴迪亚的士兵已经不择手段了。据席德学园长的猜想，由于艾尔欧妮所拥有的能力，将使她成为魔女的目标。因此席德在这里向全学园的学生宣布了，在学园修好之后，就要以整个学园之力，以打到魔女伊迪亚为目标而前进。就在史克尔苦恼不已的时候，赛菲等人的音乐会已经准备得差不多了，在指定每个人所使用的乐器后，音乐会就开始了。
音乐会结束后，史克尔来到席德学园长的办公室，在那里史克尔正式的以指挥官身份接受其他席德组织成员的欢迎。虽然说不知道加尔巴迪亚的下一个目标是那里，但是目前离巴兰的距离并不远，加上那里又是自己的家乡，因此就先回到那里看看好了。就这样，修复的巴兰学园成为史克尔的交通工具开始行动了。
来到巴兰的史克尔等人，看到在巴兰的旁边停靠着另一个学园。走进巴兰一看，只看到加尔巴迪亚的车辆就停在巴兰的入口处。和站在此地的士兵交谈，会得知此地已经被魔女伊迪亚所控制了。由于塞尔是此处的居民，因次就在塞尔的协助下以及用得知艾尔欧妮的下落，一行人顺利的进入了巴兰。在离开的时候，士兵要史克尔等人去找目前住在旅店里的他们的指挥官。
首先回到塞尔的家，从他母亲的口中得知此地的指挥官并不是魔女伊迪亚，从描述来看好像是风神。于是一行人来到旅店的门口，向门口的士兵表示有艾尔欧妮的情报，于是士兵会说他们的指挥官去巡逻了。然后来到港口，和身边站了只狗的士兵交谈，会得知他们的队长在钓鱼。再回到塞尔的家，在那里会听到塞尔的母亲表示有人来借厨房煮鱼，从母亲的话中得知这个人好像就是队长。然后继续在此地找寻队长的下落，最后就可以在旅店里找到风神与雷神。
由于塞法的命令，因此雷神一看到史克尔等人出现，就带着士兵向史克尔等人发动攻击。打败雷神后，史克尔等人也进入旅店中，果然在里面的就是风神。此时雷神又从旅店外走了进来，与风神两人再次向史克尔等人攻击。打倒风神与雷神之后，可以获得格斗王002(Combat King 002)这本杂志，同时也决定要去托拉比亚学园看看。
托拉比亚学园
由于受到之前的飞弹攻击，因此托拉比亚学园显得有些残破。在赛菲的带领下，一行人爬过了入口处的铁门来到了学园的内部。一路来到篮球场，所有的伙伴在这里等着赛菲的到来。等到赛菲来了后，一行人开始谈起以往的事情。这时候众人才发现，除了莉诺亚之外，原来大家都是同一个孤儿所长大的。
众人的回忆又再推回到当时孤儿院老师的身上，一个总是穿着黑衣留着长发的老师，而她似乎就是魔女伊迪亚。对了，孤儿院的老师名叫伊迪亚，也就是席德学园长的妻子，也就是现在的魔女。既然魔女就是成立席德组织的老师，那么为什么塞法还要追问席德组织的事呢，对于事情的发展史克尔感到有些怀疑。再想下去也不是办法，现在众人的目标，就是要准备与魔女伊迪亚决一死战。
回到巴兰学园候，一行人驾驶学园准备前往伊迪亚的家，此时会发现附近森林的上空，出现了加尔巴迪亚学园。史克尔赶快回到学园内，将巴兰学园朝着加尔巴迪亚学园前进。在史克尔回到驾驶座的时候，原本负责驾驶的尼达(Nida)让史克尔看看敌人已经开始向着我们前来了，此时要由史克尔来决定我方的行动。
就这样，巴兰学园和加尔巴迪亚学园的决战就要展开了。于是史克尔和同伴集合，将队伍分成两个小队。由史克尔带领的小队来到二楼，和沿路所有的学生交谈，他们就会各自到达自己的位置。然后再来到一楼，向着学园广场前进。来到广场后，会看到塞尔已经在这里了，和塞尔交谈后，塞尔表示之前他有和莉诺亚见面。于是史克尔和莉诺亚沟通了一下，终于让莉诺亚也加入了战斗的行列。就在听到广播要求史克尔快回到驾驶座之后，史克尔赶快回到尼达的身边，原来加尔巴迪亚学园已经撞过来了。
在塞法的指挥下，加尔巴迪亚的部队冲进了巴兰学员。此时塞尔的小队开始行动了，沿着路一直来到广场的尽头。此时塞尔突然想起了一件事，他之前向史克尔借来的戒指必须要还给史克尔，因此就把它交给莉诺亚，托莉诺亚尽快将这戒指还给史克尔。就在莉诺亚等人来到阳台时，两个学园发生了擦撞。这一撞把莉诺亚脚下的地板给撞裂开来，让莉诺亚跌了下去。为了要救回莉诺亚，塞尔等人必须要找人帮忙。
两人来到一楼大厅，就看到史克尔等人准备前往学园的前门。终于在正门前追上了史克尔，就在塞尔告诉史克尔目前莉诺亚正陷入危机的时候，广播又传来了二楼的教室正被加尔巴迪亚的部队攻击。于是在这里队伍要再一次的分散开来，一队留在此地挡住敌人的进入、塞尔则前去救莉诺亚、至于史克尔自己则要带着同伴到二楼的教室救人。
史克尔等人赶到二楼的教室，在那里加尔巴迪亚的部队正在威胁着此地的学生，于是史克尔等人自然要打倒出现在这里的敌人。打倒这里的敌人之后和此地的学生交谈，他们就会离开这个危险的地方。接着驾驶座又传来了新的消息，角协大夫已经来到那里了，在那里会被问到目前的战况。虽然史克尔等人已经挡住了敌人第一波的进攻，但是以目前的样子来看，想要持续的挡住敌人的攻势恐怕相当的困难。
就在驾驶座，众人就开起了作战会议。由于敌人的攻势绝对会再来，加上目前情况并不乐观，因此恐怕要采用别的作战方式。就在这个时候塞尔居然回来了，但是却没有看到莉诺亚的身影。原来在通往莉诺亚受困地点的路上全是敌人，根本没有办法到那个地方去。于是艾文说将这里就交给他吧，史克尔赶快去就莉诺亚才是。就这样，史克尔一个人前去拯救莉诺亚。
就在史克尔发表演说鼓励学园内的学生继续进行战斗后，史克尔就可以前去拯救莉诺亚。不过在二楼的电梯口，会遇到有人要求史克尔帮她找到失踪的学生。于是史克尔来到教室外的走道，就会找到这迷路的学生。不过就在这学生离开后，史克尔却遭到敌人的偷袭，于是小心的击倒这敌人，就可以继续行动了。将这敌人打倒抢夺他的交通工具，就可以顺利的救到莉诺亚。
救出了莉诺亚之后，就要到加尔巴迪亚学园和之前已经攻进去的同伴会合。看到史克尔和莉诺亚顺利的归来，同伴们都相当的高兴。不过现在不是讲话的时间，要制止加尔巴迪亚的攻击，就要打倒指挥这一切的塞法。
在加尔巴迪亚学园中要顺利的行动，就要获得可以打开门的卡片钥匙。这些钥匙都在学生的身上，要取得它们必须花一点工夫。首先在二楼的学生宿舍取得卡片钥匙【1】(Card Key [1])，利用这就可以回到一楼进入滑冰场。通过滑冰场后来到一间教室，就可以在那里取得卡片钥匙【2】(Card Key [2])。然后就可以经由三楼的走道跳到一楼的运动场后来到大厅，在那里会出现一只守护兽地狱番犬塞贝洛斯(Cerberus)，在与它进行战斗并且胜利之后，就可以获得新的守护兽来增加能力。然后在一楼的另一间教室中可以取得卡片钥匙【3】(Card Key [3])，如此一来就可以打开所有的门了。
接由二楼的电梯来到学园长室，在那里会看到塞法和魔女伊迪亚已经在等着众人的到来了。不过就算在这里打倒了塞法，战斗并没有就此结束，魔女伊迪亚消失在地面。于是一行人乘坐电梯来到二楼的礼堂，就看到魔女出现在礼堂的上方，史克尔等人和魔女与塞法再展开了战斗。打倒了魔女与塞法的组合后，发生了一些异状。此时史克尔看到莉诺亚突然的昏倒在地上，就在这一片茫然的状况下，史克尔看到塞法离开他们的视线，消失在这个地方。在昆斯蒂检查莉诺亚的状况时，魔女伊迪亚突然开口叫出了众人们的名字，看样子她已经不再是魔女而恢复为当时孤儿院的老师。伊迪亚不断的问着艾尔欧妮的状况，担心她是否有危险。但是现在有状况的是莉诺亚，史克尔实在没有时间去想那么多。
经过一夜的休息后，昆斯蒂的声音从广播中传来，要史克尔赶快到伊迪亚的家一趟。据说伊迪亚的清醒之后就回到自己的家，因此希望史克尔能够找个时间过去看看。虽然说现在莉诺亚的状况还不清楚，但是伊迪亚是史克尔小时候照顾他们的老师，当然也不能放着不管，因此史克尔来到控制室，驾着巴兰学园前往伊迪亚的家。
来到伊迪亚的家之后，终于见到伊迪亚了。伊迪亚说目前事情还没有结束，因为当初伊迪亚也是暂时的受到迷惑，所以才会被才会被魔女的意识所控制，这个控制她的意识的魔女的名字就是亚提米西亚(Ultimecia)。亚提米西亚的目标就是要找寻艾尔欧妮，因为她得知艾尔欧妮有着神秘的力量。若是真的被她夺取了艾尔欧妮的能力，那么将会发生相当可怕的事。为了避免这样的状况发生，因此伊迪亚才将自己的心交给亚提米西亚。
然后话题又转到莉诺亚的身上，自从发生那一天事情之后，莉诺亚就一直昏迷不醒。不过就算是伊迪亚怎么想，都想不出这是怎么一回事，因此又将话题转到艾尔欧妮的事情上。看样子艾尔欧妮的能力就是事情的关键，因此目前应该要尽快找到她才行。
于是史克尔等人回到巴兰学园，将一切事情以广播的方式向所有的学生解释，就要继续他们的冒险了。这个时候史克尔又想看看莉诺亚的状况，于是再来到医务室，眼前的莉诺亚还是维持着一样的状况一点气息都没有，就好像是死了一般。就在此时，那奇怪的声音再次响起，史克尔又再进入了梦中。
兰格纳与他的同伴由于没有钱继续冒险，因此他们决定当个演员来赚一点钱。就在这个电影的拍摄现场，遇上了真正的龙。此时兰格纳手中用的并不是惯用的武器，使用连续的攻击虽然暂时的击退了龙，但是却没有办法倒打它。于是赶快和兰格纳的同伴会合，换上惯用的武器，将这只龙打倒。打倒龙之后，兰格纳在此地的工作也结束了。原本以为史克尔就要清醒了，没有想到却看到了艾斯塔的士兵到处收集小女孩以继承魔女阿迪尔，兰格纳为了要找回艾尔欧妮，就开始了他的冒险旅程。
就这样史克尔再次的从梦中醒来，终于对于事情有了大概的了解了。原来艾尔欧妮为了让史克尔了解事情发生的原因，利用自己的能力让史克尔看到这一切。现在事情已经大致清楚了，史克尔为了要想让莉诺亚恢复，希望艾尔欧妮能利用她的能力将自己送到发生这一切的那个时间，想要找出解决的办法。由于艾尔欧妮是在白色席德组织所属的船上，因此只要问伊迪亚的话应该就知到在那里。
来到伊迪亚的家向她询问有关白色席德船舰的事，这艘船是属于魔女的白色席德组织的船。从伊迪亚的口中，可以知道这艘船目前所在的位置，接着伊迪亚将一封魔女的信(Sorceress' Letter)交给史克尔，因为有了这封信才可以登上这艘船，凭着这样的资料，史克尔等人前去找寻这艘船。
这艘白色席德船舰就停在伊迪亚的家上方的岛中，史克尔等人上船原本想要从他们的口中得到有关艾尔欧妮的消息，但是得到的却是让人失望的情报。在船上会得知，艾尔欧妮已经被艾斯塔的士兵给带走了。
从刚才得到的情报，可以知道艾尔欧妮应该是在艾斯塔。由于艾斯塔位于群山之间，没有使用学园就可以到达的方法，因此进入艾斯塔的方法就是从渔人的地平线经由列车铁道前往。由于之前渔人的地平线与艾斯塔的关系不错，因此这是唯一可以进入艾斯塔的办法。
来到渔人的地平线之后，史克尔一个人背着莉诺亚走向目标，心中不断的想着这么不告而别是否会使得同伴们生气呢。不过为了要救回莉诺亚，史克尔也顾不了这么多了。不过就在铁道快到尽头的地方，史克尔发现所有的伙伴都在那里等着他的到来，就在所有同伴以及伊迪亚的陪同下，史克尔等人进入了艾斯塔大陆。
来到艾斯塔大陆之后看到了就是一个大湖，首要的任务就是要穿过这里。来到大盐湖的中央，就会遇到巨大的敌人。这是一只不死系的生物，要打到它才可以继续的前进。然后再继续向前进，会在一条路上看到奇怪的影像。调查这奇怪的影像，就可以找到一条通往神秘的建筑物的梯子。
在这神秘的建筑物内的道路并不复杂，都是单纯的直线通道。沿着通道一直的前进，就可以登上升降机来到这神秘的建筑物的内部。就在史克尔等人来到通道的最深处时，眼前的墙壁突然显现出城市的影像，史克尔等人已经顺利的来到艾斯塔了。就在史克尔脚下的地板将他们送到艾斯塔的入口后，那一直不断出现的梦般的情节又再次出现，使得史克尔等人又再次的昏迷。
现在又来到兰格纳等人的这一边，他们在这个地方受到艾斯塔士兵的指挥而在这里工作。就在无法忍耐的状况下，兰格纳打倒了在此地作威作福的艾斯塔士兵，开始在研究所内活动。打倒士兵之后，就可以乘坐电梯来到研究所中。在那里听到了博士为了要进行研究，到处抓了许多的女孩。在离开研究所的时候，会遇到反魔女的组织的成员，可以从他的口中得到许多的情报。
终于在研究所里找到了博士，不过敌人也再此时又出现了。打倒这些敌人后，可以从博士的口中知道艾尔欧妮目前正在研究所中。由于艾尔欧妮所拥有的神秘力量，因此她早就被送到奥坦因研究所(Odine's Laboratory)去了。要想到这个研究所，兰格纳等人乘坐此地的车辆，来到了奥坦因研究所。
才踏进这里，艾斯塔的士兵就出现在兰格纳等人的面前。不过这些士兵毕尽不是兰格纳的对手，很快的就被一行人解决了。在走道的中央有个台子，全部的人坐上去后就可以启动它，原来它就是通往艾尔欧妮所在地点的电梯。再打倒一批敌人后，就可以看到艾尔欧妮被关在一个房间里。于是调查一旁的仪表板，就可以顺利的救出艾尔欧妮。
梦到了这里又结束了，史克尔等人又恢复了神智。就在史克尔等人的面前，出现了一辆巨大的车辆，从上面走下来的人开口询问史克尔等人中是否有魔女伊迪亚这个人。于是伊迪亚回答说一行人来这里是要找奥坦因博士的，并且说明了此行是要见艾尔欧妮，就会在对方的带路下去见奥坦因博士。就在博士的同意的情况下，一行人终于有机会见到艾尔欧妮了。于是一行人到艾斯塔四周看了一下，就来到月球基地与博士见面。
离开艾斯塔之后，可以前往月球基地，由于登月的太空船只能容纳三人，在扣掉史克尔和莉诺亚之后之剩下一个人的位置。因此史克尔选择了一位同伴和他一起行动。选完了同行的伙伴之后，就可以进入登月太空船，就这样史克尔前往太空去了。就在史克尔离开后，塞尔带着伙伴走出了月球基地，走出月球基地一看，发现有巨大的飞行物体来到艾斯塔的上空，一行人再次回到艾斯塔。
回到艾斯塔后，在研究所里听取了有关这次事件发生的原因。在博士的说明下，知道了随着月之潘朵拉的靠近，会成三个阶段与艾斯塔接触。从图表来看，月之潘朵拉分别会在艾斯塔城市的中央、第二高速公路上方、以及商店街与艾斯塔有果三次接触。于是塞尔等人拿着博士给的地图，来到艾斯塔经由接触点进入月之潘朵拉中。
如果能够及时来到这三个接触点，那么只要打倒敌人之后就可以进入月之潘朵拉内部。在里面仔细的调查后，会被一台神秘的机械吹出来，想要阻止月之潘朵拉的计划也就失败，使得月之潘朵拉最后坠落在破裂点。
在史克尔这一边，一行人顺利的来到了月球基地。首先将莉诺亚搬到此地的医务室放下来，然后然后在月球基地找寻艾尔欧妮的下落。最后在二楼的房间中找到了艾尔欧妮，在向艾尔欧妮表达来到此地的原因之后，艾尔欧妮表示有些困难。由于史克尔有将莉诺亚带到月球基地来，因此就请艾尔欧妮一起去看看。
就在带着艾尔欧妮来到医务室的路上，月球基地响起了警报，原来在医务室起了异状。由于医务室正是莉诺亚所在的地方，而因此史克尔急忙赶过去，将艾尔欧妮交给同伴照顾。史克尔来到医务室的门口，看到莉诺亚居然漫步走了出来。史克尔虽然想要阻止她，但是却没有办法，就在这样的状况下史克尔追着莉诺亚来到了控制室。
史克尔没有办法阻止莉诺亚，眼看着莉诺亚打开了封印魔女阿迪尔的装置。就在莉诺亚开启了魔女阿迪尔的封印之后，魔女终于醒过来了。由于莉诺亚的魔女清醒的过程中被弹到宇宙中，因此史克尔不断的要求艾尔欧妮能够帮助他拯救莉诺亚。飘流在太空中的莉诺亚发现自己所穿的太空装已经没有氧气了，眼看着就要死在这个地方。这个时候传来了史克尔的声音，史克尔救到了莉诺亚。
来到飞空艇内之后，史克尔和莉诺亚要想办法控制住这台飞空艇，于是需要将这里面出现的敌人全部的消灭。在飞空艇里面的敌人依颜色可以分成四组，在攻击的时候要以组为单位将其澈底的消灭。首先找到紫色敌人，然后依绿色、红色、黄色的顺序将敌人打倒，就可以取得飞空艇的控制权。
在取得飞空艇兰格那洛克之后，史克尔和莉诺亚就可以驾驶它返回地球，在那里却看到一群艾斯塔的士兵等着。他们将莉诺亚当做魔女，把莉诺亚给带走了。史克尔虽然想要阻止，但是眼看莉诺亚也没有抵抗的状况，也只好让他们把莉诺亚带走。事实上，虽然现在莉诺亚已经没有事了，但是深藏在她体内的魔女什么时候会再控制住她，就连她自己也没有把握。
就在莉诺亚被带走之后，史克尔回到飞空艇上，就在这时候其他的同伴也来到了飞空艇，向史克尔说出这一段时间所发生的事。目前艾尔欧妮的下落不明，没有人知道她在那里。由于莉诺亚被带到艾斯塔魔女纪念馆，史克尔等人决定要找她回来，因此一行人驾着飞空艇开始行动。
在通过了门口的守卫之后，一行人进入了魔女纪念馆，在那里此地的研究人员正在研究莉诺亚。看到莉诺亚被关在这个地方，史克尔相当的生气。于是他不顾此地研究人员的制止，在同伴的协助下救出了莉诺亚。
成功的救出莉诺亚之后，一行人驾着飞空艇来到伊迪亚的家。这里是史克尔等人成长的地点，也是大伙的原点。在这里，史克尔和莉诺亚许下了永久的承诺，也确定了两人之后的关系。虽然莉诺亚还有可能被魔女亚提米西亚控制，若是发生了这样的事情史克尔将会带领着席德组织的成员来向她挑战，但是史克尔承诺将将永远的保护她。
要准备进行最后的决战，就要增加一行人的实力。将飞空艇停在艾斯塔大陆的月球基地附近，然后步行进入不远的破裂点。在破裂点的中央会找到一枚所罗门的戒指(Solomon Ring)，然后若是您的身上有着足够的道具，那么使用所罗门的戒指就可以召唤出猛毒地狱列车(Doomtrain)成为您的守护兽。
接着来到圣特拉遗迹，当史克尔第一次进入此地的时候，就要接受奥丁(Odin)的考验。在时间的限制内，沿着楼梯一直向上走，在经由浮游石将史克尔等人送到上方之后，爬上左侧的梯子来打开此地的电源。然后开启梯子一路往上走，取得门上方石像的左眼，将它放到屋顶上石像的左眼的位置，就可以取得需要的密码。然后取下屋顶石像的左眼和右眼将它放到门上石像的左眼和右眼中，将密码输入后下方的门就会打开。进入门内打倒奥丁就可以获得这只守护兽。
在圣特拉遗迹还有另一只守护兽，打倒二十只的地底游民(Tomberry)，就有机会看到守护兽地底游民王(Tomberry King)出现，打倒它就可以获得这只守护兽。不过请在结束了奥丁这个有限时的任务后再开始，以免导致无法取得奥丁。
接着来到仙人掌岛，在这里会看到绿色的仙人掌从砂地里冒出来。只要在这里逛一下，在进入战斗的时候就能够和大仙人掌(Jumbo Cactuar)进行战斗。只要这场战斗胜利，就可以获得这只守护兽。
然后再来到海洋探查人工岛，这个人工岛位于地图的左下角，要仔细的找才可以看得到。一进入此地，很快的就会遇到敌人。在这个房间的中央有一个设备，不断放射着奇怪的光芒。如果在有光芒的时候移动，那么就会引出敌人进行战斗。因此必须要小心的前进，来到中央的设备调查后，连续的和敌人战斗数次后就可以与神龙巴哈姆特(Bahamut)进行战斗，胜利了就可以获得这只守护兽。
打倒神龙巴哈姆特后暂时找不到路前进，于是先回到飞空艇上，和同伴们交谈一会儿。接着再回到这个海洋调查人工岛，就会发现原本地上的破洞中长出了一棵树，就可以爬到下面继续前进了。
来到下面的地方，会看到一台电脑以及地下的入口。要调整此地的蒸气量，才可以打开地上的入口。一层一层的调整蒸气的量，就可以慢慢的打开通往下一层的门，如果设定的不对，就要回到第一层重新开始设定。如此一路下到最底部，就会在海底遇上巨大的机械，在它的身上就有守护兽伊甸(Eden)。
从同伴的口中，会得知艾斯塔已经在为这最后的决战进行准备。因此一行人来到艾斯塔，与艾斯塔总统见面。在总统的房间，就会见到兰格那以及基洛斯、沃德等人。在兰格纳的解释下，一行人对于整个任务的执行方式、魔女亚提米西亚、以及艾尔欧妮和蕾茵的关系都明了了，现在也确认了自己该做什么事。
驾着飞空艇冲入月之潘朵拉，出现在史克尔等人面前的，是塞法的忠心部下风神与雷神。打倒这两人继续前进，就会遇到之前曾经将同伴丢出此地的机械兵器。这一次不用担心被投射出去了，急中火力将这兵器打倒，就可以进入最深处见到塞法。打倒了塞法，一行人以为已经结束的时候，塞法却抓走了莉诺亚。于是来到了魔女阿迪尔的房间，为了要救出莉诺亚与魔女展开了战斗。打倒阿迪尔之后才从她的手中救出了莉诺亚。不过就在莉诺亚恢复的时候，史克尔等人跌进时间压缩的世界。
在这个世界里，史克尔等人必须要一再的面对各阶段的魔女，打倒各阶段的魔女之后，史克尔等人才可以继续行动。从海滩边可以看到的铁链，就可以一路走到亚提米西亚城。
进入亚提米西亚城之后，会发现到大部份的能力都无法使用了。由于魔女亚提米西亚使用她的能力封印了史克尔等人的力量，因此首要的任务就是将自己的能力取回。一共有八项能力被封印了，需要靠打倒出现在城里的八只魔兽来取回这些能力。每打败一只就可以取回一项，因此史克尔必须利用两个队伍的互相协助，找到这八只魔兽取回能力。
现在就要面对魔女亚提米西亚了，同样的来到时钟塔，这一次不要跳到钟摆上，直接沿着路来到塔顶，沿着指针走过去之后爬下楼梯，就可以来到魔女所在房间入口处。只要进入这个门内打倒魔女，就可以结束她的一切了。
打倒了魔女亚提米西亚之后，一行人被困在不同的时空之中。为了要回到自己的时间，一行人努力的想着自己所在的地方，就这样终于回到了自己的时间中。原本困在时间中的史克尔，藉由着众人的力量以及莉诺亚的呼唤，终于回到了自己的时空，回到了莉诺亚的身边。
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